En épocas prehispánicas, la Sabana de Bogotá estuvo habitada por los muiscas, de cuya lengua chibcha se deriva el vocablo Fontibón, más exactamente, hontivon, que significa poderoso capitán. Este era uno de los inmediatos dependientes del zipa, residente en su vecina Bacatá, al otro lado del río Bumsa, Funza, Funzhe o Bogotá, y el lugar tenía que estar al mando de un capitán poderoso, pues era antesala para llegar por el lado sureste a los dominios interiores.
La ubicación del poblado principal era la misma de la actual en el contorno de la plaza y la iglesia y sus capitanías, hacia el norte (Azul y Capellanía), y sobre el camino a Engativá, por donde va la carretera (carrera 100). Hacia 1594, habitaban en Fontibón 135 sacerdotes chibchas en ocho bohíos que les servían de templo; ese mismo año llegaron a la localidad los padres franciscanos.
Fontibón estuvo en la ruta geográfica de los grandes acontecimientos: desde Jiménez de Quesada, que fue su descubridor, hasta el último de sus virreyes; desde la conspiración libertaria de Antonio Nariño, en 1794, y el estallido del 20 de julio, hasta la entrada de los libertadores y las contiendas civiles en camino. En estas tierras comenzaba, para quienes salían de Bogotá, la sabana indígena, criolla y orejona, porque se empezaba a ver la cara de la Colombia autóctona y mestiza. Y allí ter minaba para el viajero, procedente de Cartagena o de España, la angustia de llegar a Santa Fe. Las tres campanas de la torre de espadaña de su iglesia doctr inera todos los días estaban repicando y anunciando la llegada de ilustres visitantes a la casa de los forasteros (Casa del Pueblo), que era donde todos descansaban de sus travesías.
Se describe a Fontibón como un espacio social, cultural y económico de paso. Pueblo de indios que se constituyó en lugar estratégico de paso y de comunicación de la población muisca. A par tir del siglo XVI, sirvió a los españoles como tránsito para las recuas de mulas, transporte de mercancías y viajeros entre Santa Fe y el río Magdalena, y salida para los principales puertos en la Colonia. De ahí que, a partir de 1538, gozara de los privilegios de pertenecer a la categoría de “Pueblo de la Real Corona”.
Al tener en cuenta los mapas anteriores al siglo XVIII, se observa la distribución territorial muisca con su fragmentación y dispersión de chozas aledañas a los ríos, así como la presencia de la arquitectura de estilo español de Fontibón, en la iglesia, los edificios públicos , la casa de los notables y la casa de los viajeros, como límites de una plaza central rectangular. En la actualidad, esta característica de la arquitectura española la conserva aun el parque central.
Las políticas de resguardo, la distribución de predios, los procesos de catequización a cargo de los jesuitas, la reubicación de la población indígena en focos y la expropiación de tierras durante la Colonia significaron la desaparición del poblamiento comunal muisca y su sustitución por uno de tipo rural en torno a la hacienda, hasta el siglo XIX.
Las costumbres se definían por los acontecimientos religiosos; de ahí la importancia de la misa como espacio de socialización, los rosarios, los aguinaldos, las procesiones o los cortejos funerarios. Las plazas de mercado, además de su función económica para la venta o trueque de productos, se constituyeron como escenario cultural, pues no solo se intercambiaban productos, sino que allí se mezclaban diferentes culturas, especialmente las provenientes del altiplano cundiboyacense. De esa manera, se fue construyendo una especie de mestizaje cultural en la localidad, con las influencias del mundo rural y campesino y la llegada de los viajeros y forasteros.
Fontibón también era sitio de llegada de los paseos de fin de semana de los cachacos santafereños; era habitual que el dueño o patrón de las fincas se trasladara en mulas a descansar en compañía de su familia. Esto lo convirtió en albergue y en lugar de paseo y descanso.
La vida de pueblo se fue transformando por la cercanía con la capital. A partir de 1940 aparecieron las industrias fundadas por exiliados europeos de la Segunda Guerra Mundial y las desarrolladas por la reforma liberal de Alfonso López Pumarejo, como el Frigorífico Suizo, Hilanderías de Fontibón, Levapan, Prodema e Icopulpas. Los avances tecnológicos aparecen en la localidad con la llegada del ferrocarril y de la radio. El ferrocarril comunica el centro del país con la vía fluvial del Magdalena y con ello a Fontibón, de manera que los trayectos hacia Bogotá se hacen más cortos, pues para este período de furor el pueblo tiene su propia estación.
A partir de la aparición del ferrocarril y de las industrias, Fontibón adquiere otra fisonomía que poco más tarde será radical; además de sitio de paso de viajeros o de ocio, empieza a definirse como polo de desarrollo industrial y comercial de la ciudad. En 1948, año de “El Bogotazo” son críticas las oleadas de emigrantes que huyen de la violencia política en el campo y desestabilizan más la vida de la hacienda; la ciudad se convierte en tierra prometida, en refugio heterogéneo, diverso, multicultural y multiregional. En 1950, el crecimiento demográfico convierte a antiguos pueblos como Fontibón en espacios habitados por las oleadas fluctuantes del campo a la ciudad. Esto hace que los límites de Bogotá empiecen a extenderse y, al mismo tiempo, le impone un desarrollo desigual a las zonas que se colonizan.
Así, en 1954, Fontibón es anexado a Bogotá, perdiendo sus características de municipio. Las antiguas fincas que constituían la mayoría de su territorio son loteadas para convertirse más tarde en barrios. En el período 1960-1980, Fontibón progresa aceleradamente, es notable la irrupción de nuevos barrios y el crecimiento de los antiguos, y se va convirtiendo en un importante centro residencial. En los últimos veinte años del siglo XX pierde su fisonomía de pueblo para convertirse en una ciudad dentro de la ciudad, debido al proceso de crecimiento urbanístico y poblacional, acompañado por la proliferación de vías de acceso y de tráfico vehicular, y por su mejoramiento y ampliación, como sucedió con las aledañas a la embotelladora CocaCola, con las que comunican a Villemar y Ferrocaja con Capellanía y Modelia, entre otras que han ido convirtiendo a Fontibón en una complicada red de fluido vehicular.
En las últimas décadas, la localidad ha sido una zona y un polo estratégico para la construcción de obras de infraestructura significativas para la modernización del país y del Distrito Capital. Una de estas obras fue la construcción del Aeropuerto Internacional El Dorado, que empezó su funcionamiento en 1959, obra que ha sido sometida a ampliaciones, siendo la más importante la construcción de la segunda pista. Por otro lado, en julio de 1984, abrió sus puertas el Terminal de Transportes de Bogotá —que continúa haciendo de Fontibón un territorio urbano de paso—, con un área de 2.360 m2, y un flujo 2.330 vehículos al día pertenecientes a por lo menos 60 empresas de transporte. La obra ha permitido la descongestión de la ciudad (pues cada empresa poseía su terminal) y la transformación de la localidad en un centro estratégico de transporte intermunicipal
Con una inversión de $149.000.000 se fortalecerán 120 frentes de seguridad en Fontibón